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ABCD 3.0 - The Project

A community platform for the development and documentation of the ABCD standard for natural history collections


Botanic Garden and Botanical Museum Berlin-Dahlem (BGBM)


Museum für Naturkunde, Leibniz-Institut für Evolutions- und Biodiversitätsforschung, Berlin

Summary

ABCD (Access to Biological Collection Data) is an international standard for the exchange of biological collection and observation data. Development started in 2001; in 2005 it was ratified as an XML schema as TDWG standard (Biodiversity Information Standards). From the outset the ABCD development was based on an XML schema and the documentation of the individual concepts is represented as XML annotations. New ABCD-versions are created periodically by consolidating and integrating user requirements collected by the coordination team at the Botanic Garden and Botanical Museum Berlin-Dahlem (BGBM). This method was effective in the first decade of the ABCD development. However, due to a growing and diversifying user community and the introduction of semantic technologies it is reaching certain limits. The ABCD concepts are arranged hierarchically and are referenced by their xpath from the root node. A direct use in the Semantic Web is therefore not possible. The proposed project aims to develop a platform that provides ABCD concepts in a machine-readable form, together with a versioned documentation. The dependency of the ABCD concepts from an XML schema will be resolved and the concepts will be provided as an ontology for the Semantic Web. The version 3.0 of the ABCD standards will include the concepts developed by various domain specific extensions and will be made available both as an XML schema and as an ontology in the Semantic Web.

Main project goals

  • establishing a platform for collaborative work on ABCD development
  • changing from XML based, hierarchically organized schema to ontology-based provision of single concepts with documentation in a machine readable form (RDF)
  • provision of versioned documentation
  • reviewing, structuring, and improving existing ABCD concepts and their documentation including controlled vocabularies
  • incorporating new, required ABCD concepts
  • development of application schemas
  • community driven approach: intensive communication with existing and new Interest / Expert Groups enabling active contribution to standard development
    • Examples: Global Genome Biodiversity Network (GGBN), geological and paleontological data (Extension for Geosciences, EFG), Biodiversitäts‐Netzwerk des Humboldt‐Rings (BiNHum - ABCD 2.1), plot-based data, microorganisms and cell culture data



Dfg logo blau.jpg The project "ABCD 3.0 - A community platform for the development and documentation of the ABCD standard for natural history collections" is funded under the LIS infrastructure platform. Involved partners are the Botanical Garden and Botanical Museum Berlin-Dahlem (BGBM) and the Museum für Naturkunde Berlin (MfN).


Eine Community-Plattform für die Entwicklung und Dokumentation des ABCD-Standards für naturkundliche Sammlungsdaten


Botanic Garden and Botanical Museum Berlin-Dahlem (BGBM)


Museum für Naturkunde, Leibniz-Institut für Evolutions- und Biodiversitätsforschung, Berlin

Zusammenfassung

ABCD(Access to Biological Collection Data) ist ein internationaler Standard für den Austausch biologischer Sammlungs- und Observationsdaten. Es wurde zunächst als XML-Schema entwickelt und 2005 als TDWG-Standard ratifiziert (Biodiversity Information Standards). Die ABCD-Entwicklung ist von Beginn an sehr eng an ein XML-Schema gekoppelt, indem die Dokumentation der einzelnen Konzepte als XML-Annotationen repräsentiert wird. Neue Versionen des ABCD-Schemas entstehen, indem in unregelmäßigen Abständen die bei der Koordination am Botanischen Garten und Botanisches Museum (BGBM) eingegangenen Anforderungen der verschiedenen Nutzergruppen konsolidiert und in das Schema eingearbeitet werden. Dieses Verfahren war in der ersten Dekade der ABCD-Entwicklung effektiv, gerät aber nun durch die größer werdenden diversen Nutzerkreise und durch die Einführung semantischer Technologien an seine Grenzen. Die ABCD Konzepte sind hierarchisch angeordnet und werden über den Pfad (xpath) vom Wurzelknoten referenziert, was eine direkte Nutzung im Semantischen Web unmöglich macht. Im Rahmen des beantragten Projektes wird eine Plattform entwickelt werden, mit der ABCD-Konzepte in Form einer maschinenlesbaren und versionierten Dokumentation zur Verfügung gestellt werden. Die Konzepte sollen von der Abhängigkeit eines XML- Schemas gelöst und in Form einer Ontologie für das Semantische Web erschlossen werden. Unter Einbeziehung der “Fachcommunities” wird dabei die Version 3.0 des ABCD-Standards mit neuen domainspezifischen Erweiterungen entstehen, die sowohl als XML-Schema als auch als Ontologie im Semantischen Web nutzbar ist.

Projektziele

  • Einrichtung einer Plattform zur kollaborativen Weiterentwicklung des ABCD-Standards
  • Änderung von der XML basierten, hierarchischen Struktur zu einzelnen, ontologisch basierten Konzepten mit einer maschinenlesbaren Dokumentation (RDF)
  • Bereitstellung von versionierten Dokumentationen
  • Review, Strukturierung und Verbesserung der bestehenden ABCD Konzepte und ihrer Dokumentation (inklusive kontrolliertem Vokabular)
  • Integration von neuen, notwendigen ABCD Konzepten
  • Entwicklung von Anwendungsschemata
  • Community-getriebene Vorgehensweise: intensive Kommunikation mit existierenden und neuen Intressens- bzw. Expertengruppen ermöglicht ihren essentiellen Beitrag zur Weiterentwicklung des ABCD Standards
    • Beispiele: Global Genome Biodiversity Network (GGBN), geologische und paläontologische daten (Extension for Geosciences, EFG), Biodiversitäts‐Netzwerk des Humboldt‐Rings (BiNHum - ABCD 2.1), Plot basierte Daten, Daten über Mikroorganismen und Zellkulturen



Dfg logo blau.jpg Das Project "ABCD 3.0 - Eine Community-Plattform für die Entwicklung und Dokumentation des ABCD-Standards für naturkundliche Sammlungsdaten" wird unter den Richtlinien für Wissenschaftliche Literaturversorgungs- und Informationssysteme (LIS) gefördert. Projektpartner sind der Botanische Garten und das Botanische Museum Berlin-Dahlem (BGBM) und das Museum für Naturkunde Berlin (MfN).

News

ABCD 3.0 related events

Participate

The project will set up a new semantics-aware community platform for the development and management of new ABCD versions. In the meantime, suggestions for new ABCD-elements, improvements of concepts, structural changes, and other issues can be submitted by email: ABCD3-TEAM@LISTSERV.DFN.DE